Herramienta de expresión de red integrada en Picasso (PINETool).

Abstract

Las herramientas BLAST son recursos comunes usados principalmente por investigadores de trasfondos biológicos, genómicos y bioinformáticos. La mayoría de ellas se ejecutan como servicios en la Nube, lo que permite asignar la cantidad justa de capacidad de procesamiento a cada búsqueda recibida. Sin embargo, algunas líneas de investigación requieren de herramientas más personalizadas. La Herramienta de Expresión de Red Integrada en Picasso (PINETool) ha sido encargada por el grupo de investigación de Biología Molecular y Biotecnología para usar en sus tareas de genómica. Su enfoque principal se basa en la accesibilidad para usuarios con poco conocimiento en bioinformática gracias a una interfaz dinámica y entendible, su hablidad para generar bases de datos BLAST locales, realizar búsquedas BLAST y su capacidad de procesamiento provista por el superordenador del Centro de Supercomputación y Bioinnovación de la Universidad de Málaga: el Picasso. Otras funciones, como la extración y manipulación de los resultados BLAST así como un módulo de traducción de nucleótidos, están ayudando a los investigadores del grupo. Para poder medir el uso práctico de la herramienta, los datos de PINETool han sido utilizados como punto de partida para la búsqueda de factores de transcripción putativos en la ruta metabólica de la síntesis del aminoácido de la arginina. Debido a que los resultados obtenidos confirman las hipótesis de los investigadores y coinciden con datos experimentales reales, se puede asegurar que la herramienta funciona bajo los parámetros esperados y con suficiente exactitud.