Comparación de regiones hipervariables del gen rRNA 16S para el estudio de la microbiota intestinal en acuicultura

Abstract

El mantenimiento de la biodiversidad en el intestino de los peces es esencial para su estado de salud y su defensa frente a posibles patógenos. Una manera habitual de estudiar esta biodiversidad es mediante la técnica de metabarcoding, que consiste en la secuenciación de regiones hipervariables del gen rRNA 16S. En este trabajo, se han comparado las regiones hipervariables V1V3, V3V4 y V4V5 mediante un flujo bioinformático para determinar cuál es la más apropiada para el estudio de la microbiota de dos especies de interés en acuicultura: la dorada y el lenguado. Tanto los resultados de diversidad alfa como de taxonomía obtenidos apuntan a que la región idónea para ello en estos modelos es la V3V4. Por tanto, es la región que debería emplearse para conocer la biodiversidad mediante metabarcoding en el intestino de peces cultivables, algo de gran relevancia en muchos estudios en acuicultura, puesto que es un indicador de la salud de los individuos.