Análisis de cuasiespecies del virus del Nilo Occidental a partir de datos de secuenciación masiva mediante QuasiDecoder

Abstract

El Virus del Nilo Occidental (VNO) es un arbovirus de ARN cuya alta variabilidad genética facilita su adaptación a distintos hospedadores y vectores, lo que se ajusta al concepto de cuasiespecie. Este trabajo tiene como objetivo caracterizar la diversidad genética intramuestra del VNO mediante un enfoque bioinformático basado en datos de secuenciación masiva. Se utilizaron once muestras públicas (BioProject PRJNA1096139) procesadas con la herramienta automatizada Quasi- Decoder, diseñada específicamente para la detección y análisis de cuasiespecies virales. Durante el análisis, se detectó una gran discrepancia entre las muestras y la referencia del linaje 2 utilizada inicialmente. Por ello, se seleccionaron cinco muestras representativas (tres humanas y dos de mosquito), y se generó una nueva secuencia consenso a partir de la muestra SRR28562708. A partir de esta referencia, se reanalizaron las muestras para identificar variantes puntuales, inserciones, deleciones, eventos de recombinación y reconstrucción de haplotipos, así como para modelar proteínas virales y estudiar su posible impacto funcional. Los resultados revelaron diferencias claras entre las muestras humanas y las de mosquito, tanto en el número como en el tipo y la distribución de variantes genéticas. La muestra Mosquito_1 presentó una elevada divergencia respecto a la secuencia de referencia, mientras que las muestras humanas mostraron perfiles más conservadores. Asimismo, se detectaron múltiples eventos de recombinación y una distribución heterogénea de variantes, lo cual es coherente con el comportamiento del VNO como cuasiespecie viral, caracterizado por la coexistencia de múltiples variantes genéticas estrechamente relacionadas dentro de un mismo hospedador. Estos hallazgos subrayan la importancia de utilizar referencias adecuadas en estudios de diversidad intra-hospedador.