A workflow-based algorithm for tracing Computational Synteny Blocks along different species

Abstract

La comparación de secuencias de textos es un área de notable relevancia dentro de las Ciencias de la Computación. Existen varios problemas clásicos representativos del área, como el problema de la Subsecuencia Común de mayor Longitud, consistente en encontrar información compartida por diferentes cadenas de texto. Sus aplicaciones van desde la Lingüística Computacional hasta la Bioinformática, entre otras. Al respecto de esta última, el área de la comparación de secuencias de genomas ha recibido mucha atención durante los últimos años, lo que ha llevado a un crecimiento destacado. Esto, junto a las mejoras técnicas en el rendimiento computacional, está contribuyendo a ampliar el conocimiento sobre quiénes somos. En particular, la evolución de las especies, a pesar de haber sido extensamente estudiada, sigue necesitando ser analizada, debido a su complejidad, tanto analítica como computacional. Nuevas herramientas para el estudio de Eventos Evolutivos pueden proveernos de información relevante sobre rasgos y enfermedades, además de una mayor comprensión de los mecanismos que subyacen a la evolución (que tienen un impacto directo en la salud). El flujo de trabajo presentado “BlockTracer” es una herramienta que permite a los investigadores/as seleccionar una serie de cromosomas de distintas especies y buscar bloques de información directamente relacionados entre ellos. Para conseguir esto, varios programas independientes han sido creados y orquestados...