Análisis de genomas completos de espectros de mutantes de Sars-CoV-2 a partir de datos de secuenciación masiva.

Abstract

El coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) es un virus RNA que existe en sus hospedadores como variantes virícas denominados cuasiespecies, cuya media se denomina secuencia consenso. La identificación y el estudio de mutaciones de las secuencias consenso ha permitido el seguimiento epidemiológico del virus, y ha asistido al desarrollo de vacunas. Sin embargo, las mutaciones menos frecuentes, no representadas en las secuencias consenso pero sí en las cuasiespecies, pueden ser determinantes en la evolución, emergencia y patología del virus, así como en el desarrollo de tratamientos antivirales. Los estudios de cuasiespecies de SARS-CoV-2 a partir de datos de secuenciación masiva de genoma completo han sido muy escasos. Por ello, en mi Trabajo de Fin de Grado he realizado un estudio de las cuasiespecies de genoma completo a partir de muestras procedentes de un proyecto centrado en el desarrollo de una terapia antiviral de combinación con péptidos inhibidores de proteínas virales y mutagénesis letal contra SARS-CoV-2. Las muestras se amplificaron por RT-PCR mediante amplicones solapantes y se secuenciaron por secuenciación masiva (NGS), por Ilumina. Mediante el flujo de trabajo QuasiFlow, se analizó la complejidad y heterogeneidad de las cuasiespecies en cada muestra para entender el efecto de los antivirales en la estructura genética de las cuasiespecies. Los análisis bioinformáticos revelaron que el análogo y los péptidos, por separado y en combinación, aumentaron la variabilidad y heterogeneidad genética en las cuasiespecies. Sin embargo, las secuencias consenso por lo general permanecieron invariables, salvo en ciertas muestras donde se observaron mutaciones en el externo 5’ y en la ORF1a. Estos resultados resaltaron la relevancia de estudiar los cambios a nivel de cuasiespecies,...