Explorando el secretoma de Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi: Un enfoque bioinformático para el análisis de proteínas secretadas durante la interacción planta-patógeno

Abstract

La tuberculosis del olivo, causada por Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv), se caracteriza por la formación de tumores en los troncos y ramas de las plantas infectadas. Las bacterias gramnegativas poseen mecanismos moleculares para la secreción de proteínas al espacio extracelular, si bien, las proteínas liberadas durante el proceso invasivo del patógeno han sido poco estudiadas. En este estudio hemos caracterizado el secretoma de la cepa Psv NCPPB 3335 y dos cepas mutantes en genes del T3SS, hrpA, codificante de la unidad estructural del pilus, y hrpL, proteína reguladora de los genes estructurales y los efectores. Utilizando espectrometría de masas y herramientas bioinformáticas hemos aislado e identificado el conjunto de proteínas secretadas al espacio extracelular en un medio de cultivo que simula las condiciones del apoplasto de la planta. De entre las detectadas, se seleccionaron aquellas con péptido señal para su secreción, descartando las que presentaban dominios hidrofóbicos y analizando posteriormente la localización de las proteínas seleccionadas a nivel subcelular. Con el conjunto de proteínas resultantes, el secretoma de Psv NCPPB 3335, se realizaron análisis para para visualizar las diferencias en la distribución de proteínas entre las distintas cepas utilizando diagramas de Venn, así como análisis de abundancia heatmap y STEM con los que definir posibles patrones entre ellas. Finalmente, las proteínas se caracterizaron funcionalmente utilizando diversos programas para la identificación de dominios funcionales. El enfoque bioinformático realizado, nos ha permitido analizar exhaustivamente el secretoma de Psv y dos mutantes del T3SS, identificando una gran cantidad de proteínas secretadas al espacio extracelular con independencia del T3SS. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre flujos bioinformáticos dirigidos al análisis de proteínas secretadas en bacterias fitopatógenas y estudiar su papel en la interacción con el huésped vegetal