RT Conference Proceedings
T1 Dos herramientas bioinformáticas para el análisis de genomas de bacterias fitopatógenas
A1 Martínez, Pedro Manuel
A1 Ramos-Rodríguez, Cayo Juan
A1 Rodríguez-Palenzuela, Pablo
K1 Genomas
K1 Bioinformática
AB Los avances en tecnología de secuenciación han supuesto una cosiderable reducción en costo y tiempo a la hora de obtener genomas bacterianos completos. Es cada vez más frecuente, pues, secuenciar losgenomas de las cepas bacterianas que son de particular interés, creciendo a su vez la necesidad dedesarrollar herramientas computacionales para el análisis de las secuencias obtenidas. En lo que abacterias patógenas se refiere, son de especial relevancia herramientas de detección de genesimplicados en virulencia. En este contexto presentamos TTFShunter y ViRfAt, dos aplicacionesbioinformáticas que tienen como objeto facilitar la identificación genómica del arsenal de virulencia debacterias secuenciadas.TTFShunter (http://bacterial-virulence-factors.cbgp.upm.es/T346Hunter) es una herramienta online depredicción de sistemas de secreción de tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS, respectivamente).Mediante exhaustivas búsquedas en la bibliografía científica, se construyó una base de datos de lassecuencias genómicas correspondientes a los distintos componentes de los T3SS, T4SS y T6SS. Dadala secuencia de ADN de un genoma bacteriano, TTFShunter hace uso de la base de datos anterior paralocalizar regiones enriquecidas en dichos componentes.ViRfAt es también una aplicación web, en este caso de anotación de factores genómicos asociados avirulencia en planta. ViRfAt busca en genomas bacterianos una batería de factores de virulencia queincluye efectores, fitotoxinas, antibióticos, enzimas extracelulares, hormonas vegetales, adhesinas osideróforos. Estos factores están incluidos en una base de datos manualmente curada, en cuyaelaboración han participado diversos grupos de investigación nacionales expertos en bacteriasfitopatógenas.Ambas herramientas presentan una sencilla interfaz web fácil de utilizar, donde una vez analizado elgenoma de entrada los resultados se presentan gráficamente a través de un documento HTML intuitivoy fácilmente interpretable. TTFShunter y ViRfAt representan dos herramientas de gran ayuda amicrobiológos para la identificación de factores bacterianos de virulencia en planta.
YR 2014
FD 2014-12-18
LK http://hdl.handle.net/10630/8596
UL http://hdl.handle.net/10630/8596
LA spa
NO Comunicación seleccionada como presentación oral plenaria
NO Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech.
DS RIUMA. Repositorio Institucional de la Universidad de Málaga
RD 19 ene 2026