RT Generic
T1 Análisis de cuasiespecies del virus del Nilo Occidental a partir de datos de secuenciación masiva mediante QuasiDecoder
T2 Analysis of West Nile virus quasispecies from high throughput sequencing data using QuasiDecoder
A1 Bermúdez Repiso, Natalia
K1 Informática - Trabajos Fin de Grado
K1 Grado en Ingeniería de la Salud - Trabajos Fin de Grado
AB El Virus del Nilo Occidental (VNO) es un arbovirus de ARN cuya alta variabilidadgenética facilita su adaptación a distintos hospedadores y vectores, lo que seajusta al concepto de cuasiespecie. Este trabajo tiene como objetivo caracterizarla diversidad genética intramuestra del VNO mediante un enfoque bioinformáticobasado en datos de secuenciación masiva. Se utilizaron once muestras públicas(BioProject PRJNA1096139) procesadas con la herramienta automatizada Quasi-Decoder, diseñada específicamente para la detección y análisis de cuasiespeciesvirales.Durante el análisis, se detectó una gran discrepancia entre las muestras y la referenciadel linaje 2 utilizada inicialmente. Por ello, se seleccionaron cinco muestrasrepresentativas (tres humanas y dos de mosquito), y se generó una nuevasecuencia consenso a partir de la muestra SRR28562708. A partir de esta referencia,se reanalizaron las muestras para identificar variantes puntuales, inserciones,deleciones, eventos de recombinación y reconstrucción de haplotipos, así comopara modelar proteínas virales y estudiar su posible impacto funcional.Los resultados revelaron diferencias claras entre las muestras humanas y lasde mosquito, tanto en el número como en el tipo y la distribución de variantesgenéticas. La muestra Mosquito_1 presentó una elevada divergencia respecto a lasecuencia de referencia, mientras que las muestras humanas mostraron perfilesmás conservadores. Asimismo, se detectaron múltiples eventos de recombinacióny una distribución heterogénea de variantes, lo cual es coherente con el comportamientodel VNO como cuasiespecie viral, caracterizado por la coexistenciade múltiples variantes genéticas estrechamente relacionadas dentro de un mismohospedador. Estos hallazgos subrayan la importancia de utilizar referenciasadecuadas en estudios de diversidad intra-hospedador.
YR 2025
FD 2025-06
LK https://hdl.handle.net/10630/40823
UL https://hdl.handle.net/10630/40823
LA spa
DS RIUMA. Repositorio Institucional de la Universidad de Málaga
RD 3 mar 2026