RT Journal Article
T1 Unlocking the puzzle: non-defining mutations in SARS-CoV-2 proteome may affect vaccine effectiveness.
A1 Ulzurrun, Eugenia
A1 Grande-Pérez, Ana
A1 Del Hoyo, Daniel
A1 Guevara, César
A1 Gil, Carmen
A1 Sorzano, Carlos Óscar
A1 Campillo, Nuria E.
K1 COVID-19 - Prevención
K1 Vacunas virales
K1 Mutación microbiana
K1 SARS-CoV-2 (Virus)
AB Las variantes de SARS-CoV-2 se caracterizan por mutaciones específicas respecto al genoma de Wuhan, pero las mutaciones no definitorias de clado también pueden alterar la estructura y función de las proteínas virales y contribuir al fallo vacunal. El objetivo fue identificar mutaciones en todo el genoma viral asociadas a fallos de vacunación y analizar las propiedades fisicoquímicas de los cambios de aminoácidos resultantes. Se recuperaron secuencias completas del SARS-CoV-2 de pacientes con COVID-19 de GISAID: 7.154 genomas de Italia y 8.819 de España. Las mutaciones con frecuencia ≥10% se agruparon según combinaciones idénticas de aminoácidos. En clados 21L, 22B/22E, 22F/23A (Omicron) y 21J (Delta) se identificaron conjuntos de mutaciones no definitorias asociadas a fallo vacunal. En Italia, cuatro conjuntos incluían combinaciones como L3201F (ORF1a), A27-, I68-, R346T y F486P en la proteína S, y G30- en N. En España, dos conjuntos del clado Delta mostraron mutaciones simultáneas en ORF1a, ORF1b, S y N vinculadas al fallo vacunal. Las dosis de refuerzo ofrecieron una protección ligeramente mayor frente a Omicron. Predominaron sustituciones hidrofóbicas y polares, sugiriendo posibles alteraciones estructurales o funcionales. Los resultados indican que mutaciones no definitorias a lo largo del proteoma viral pueden influir en la eficacia vacunal.
AB SARS-CoV-2 variants are defined by genome-wide mutations relative to the Wuhan strain, yet non–clade-defining mutations may also affect protein structure and contribute to vaccine failure. This study aimed to identify mutations across the full viral genome associated with vaccine failure and assess the physicochemical effects of resulting amino acid changes. Whole-genome sequences from COVID-19 patients were retrieved from GISAID: 7,154 genomes from Italy and 8,819 from Spain. Mutations with ≥10% frequency were grouped by identical amino acid combinations. Non-defining mutations from clades 21L, 22B/22E, 22F/23A (Omicron) and 21J (Delta) were linked to vaccine failure. In Italy, four sequence sets carried combinations such as L3201F (ORF1a), A27-, I68-, R346T and F486P in S, and G30- in N. In Spain, two Delta-associated sets showed concurrent mutations in ORF1a, ORF1b, S and N. Booster doses improved protection modestly against Omicron. Hydrophobic and polar substitutions were predominant, suggesting structural or functional impact. These findings indicate that non–clade-defining mutations across the SARS-CoV-2 proteome may influence vaccine effectiveness.
PB Frontiers
YR 2024
FD 2024-08-15
LK https://hdl.handle.net/10630/41026
UL https://hdl.handle.net/10630/41026
LA eng
NO Ulzurrun E,  Grande-Pérez A, del Hoyo D, Guevara C, Gil C, Sorzano CO and Campillo NE (2024) Unlocking the puzzle: non-defining mutations in SARS-CoV-2 proteome may affect vaccine effectiveness. Front. Public Health 12:1386596. doi: 10.3389/fpubh.2024.1386596
NO European Commission – NextGenerationEU (Regulation EU 2020/2094)
NO CSIC – Global Health Platform (PTI Salud Global)
NO MCIN/AEI (Ministerio de Ciencia e Innovación / Agencia Estatal de Investigación)
NO FEDER – A way to make Europe
NO AXA–ICMAT Chair in Adversarial Risk Analysis
NO Consejería de Economía y Conocimiento, Junta de Andalucía
NO Programa Operativo FEDER 2014–2020
DS RIUMA. Repositorio Institucional de la Universidad de Málaga
RD 21 ene 2026