Aportación Bioinformática a la Biología de Especies Marinas - Benzekri, Hicham (UMA Editorial, 2016)
Los recursos marinos son de gran interés económico en todo el mundo. La acuicultura es el sector de producción de alimentos de mayor crecimiento y se espera que en el futuro cercano produzca más alimento para el consumo humano que la pesca de captura. Sin embargo, a diferencia de lo que ha ocurrido en los sectores agrícola, ganadero y avícola donde se han obtenido mejoras en la producción basándose en enfoques modernos de cría sustentados en genómica, las aplicaciones de los principios genéticos para las especies usadas en acuicultura es un campo reciente que ha permitido mejorar el cultivo de sólo unas pocas especies a través de tecnologías clásicas de selección genética como son las cruzas intraespecíficas e interespecíficas. La aplicación de estrategias de cultivo basadas en biotecnologías genómicas podrían tener un gran potencial ya que permitirán obtener mejoras a largo plazo a través de la identificación de diversos marcadores moleculares que faciliten los programas de cultivo selectivo, el desarrollo de peces transgénicos resistentes a enfermedades y/o con mejores índices de crecimiento, así como la aplicación de diversas técnicas moleculares para el diagnóstico y caracterización de patógenos y el diseño de vacunas moleculares más efectivas, fáciles de producir y de administrar. Así que el uso combinado de las diferentes biotecnologías permitirá potenciar la producción de especies acuícolas. Este trabajo de doctorado se ha realizado en el grupo de investigación de la Plataforma Andaluza de Bioinformática bajo la dirección del profesor M. Gonzalo Claros Díaz en cooperación el grupo de investigación de grupo de investigación de IFAPA El Toruño (Cádiz) del Dr. Manuel Manchado Campaña. El objetivo final era de realizar un análisis genómico del lenguado senegalés y el lenguado común además de otras especies afines basándonos sobre los datos de lecturas NGS, encaminado hacia la profundización en el conocimiento del transcriptoma y del genoma de estas especies, así como establecer las herramientas bioinformáticas que resultarán más útiles para dichos estudios. En gran parte, este trabajo ha sido posible gracias al personal y la infraestructura de la Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB), donde es posible acceder a recursos informáticos sin los que parte del trabajo hubiera sido de difícil resolución, además de aprender técnicas de programación, que han permitido que los programas desarrollados en este trabajo puedan ser ejecutados en paralelo.
Keywords: Genómica; Acuicultura - Tesis doctorales; Especies marinas; Datos NGS; Análisis bioinformático