La rizobacteria Pseudomonas alcaligenes AVO110 induce la expresión de genes relacionados con formación de biofilms en respuesta a exudados de Rosellinia necatrix - Pintado Calvillo, Adrián; Pérez-Martínez, Isabel; Aragón Cortés, Isabel María; Gutiérrez Barranquero, José Antonio; De-Vicente-Moreno, Antonio; Cazorla-López, Francisco Manuel; Ramos-Rodríguez, Cayo Juan (My University, 2021)
La rizobacteria Pseudomonas alcaligenes AVO110 muestra antagonismo frente al hongo fitopatógeno Rosellinia necatrix. Esta cepa coloniza eficazmente las hifas de R. necatrix y es capaz de alimentarse de sus exudados. Recientemente, hemos publicado la secuencia completa del genoma de P. alcaligenes AVO110. La filogenia de todos los genomas de P. alcaligenes disponibles separa los aislados ambientales, procedentes de agua, junto a la cepa AVO110, de los obtenidos de infecciones de sangre humana y de tejidos de ostras, que agrupan con Pseudomonas otitidis. Análisis del core y del pangenoma de P. alcaligenes han revelado que las cepas de esta especie codifican conjuntos de genes altamente heterogéneos, y que el genoma de AVO110 codifica la región variable más grande y exclusiva de todos ellos (aproximadamente 1,6 Mb y 1795 genes). Los genes exclusivos de AVO110 incluyen un amplio repertorio de genes relacionados con la formación de biopelículas (biofilms), de entre los cuales destacan aquellos modulados transcripcionalmente por exudados de R. necatrix. Uno de estos genes (cmpA) codifica una proteína con dominios GGDEF/EAL específica de cepas de Pseudomonas spp. aisladas de la rizosfera de diversas plantas, de suelo y de agua. También hemos demostrado que CmpA tiene un papel en la formación de biopelículas y que la integridad de su dominio EAL está involucrada en esta función. Este trabajo contribuye a una mejor comprensión del estilo de vida y de la adaptación a nichos específicos de P. alcaligenes, incluido el comportamiento micofágico de la cepa AVO110.
Keywords: Rizobacterias; Pseudomonas alcaligenes; Rosellinia necatrix; Biofilm; RNAseq; Genómica comparativa