Estudio de Estrategias de Archivo en PSO Multi-Objetivo para el Docking Molecular - López-Camacho, Esteban; García Godoy, María Jesús; García-Nieto, José Manuel; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesús; Aldana-Montes, José Francisco (My University, 2016)
El acoplamiento molecular es un problema de optimización complejo cuyo objetivo es la predicción de la posición de un ligando en el sitio activo de un receptor con la mínima energía de unión. Este problema puede ser formulado como un problema de optimización de dos objetivos que minimiza la energía de unión y la desviación de la media cuadrática de las posiciones atómicas (RMSD) de los ligandos. En este contexto, el algoritmo multi-objetivo de swarm-intelligence SMPSO mostró un rendimiento destacable. SMPSO se caracteriza por usar un archivo externo para almacenar las soluciones no dominadas y como base para estrategia de selección de líder. En este artículo, se analizan diferentes variantes de SMPSO basadas en diferentes estrategias de archivo utilizando un benchmark de instancias moleculares. Este estudio revela que la variante SMPSOhv obtiene los mejores resultados.
Keywords: Optimización matemática; Algoritmos computacionales; Optimización Multi-Objetivo; Optimización por enjambre de partículas; Acloplamiento molecular; Estrategias de archivo; Comparación algorítmica