Diversidad del VIH-1. Transmisión dinámica y resistencias primarias en los nuevos diagnósticos de VIH-1 en la población de Málaga (HUVV) durante los años 2004-2015. - Sena Corrales, Gabriel (UMA Editorial, 2017)
Las Guías de Práctica Clínica recomiendan la realización de un test genotípico de resistencia en todos los pacientes diagnosticados de infección por el VIH-1. Disponer de la secuencia de la retrotranscriptasa (RT) y de la proteasa (PR) en estos pacientes nos abre la posibilidad de profundizar en la epidemiología molecular de la infección por el VIH-1 en el área geográfica correspondiente, mediante la realización de estudios filogenéticos. La filogenia ha demostrado ser una herramienta muy útil para describir y clasificar la variabilidad del VIH-1, convirtiéndose en el método gold estándar para la subtipificación. Sin embargo, en la práctica clínica habitual se usan herramientas de subtipado automáticas, que presentan limitaciones para la correcta clasificación de algunos subtipos no-B, especialmente de las formas recombinantes circulantes (CRFs). Los objetivos de nuestro trabajo han sido por un lado, analizar los diferentes agrupamientos y cadenas de transmisión (CT) en nuestra cohorte, estudiando dentro de ellas la evolución de las resistencias primarias, y, por otro, evaluar la sensibilidad y especificidad de tres herramientas informáticas rápidas para el subtipaje, las diferencias entre ellas y su concordancia con el análisis filogenético. Hemos incluido en nuestro estudio a los pacientes diagnosticados de infección por el VIH-1 en el Hospital Universitario Virgen de la Victoria de Málaga entre los años 2004 y 2015. Este intervalo de tiempo se dividió en 2 periodos: Periodo A, entre 2004-2009 y Periodo B, entre 2010-2015. A los pacientes se les realizó determinación de la viremia plasmática y detección de mutaciones de resistencias genotípicas del VIH-1 mediante secuenciación de ácidos nucleicos, utilizando Secuenciación Sanger entre 2004 y 2014 y Pirosecuenciación en el año 2015. De los 757 pacientes con estudio de resistencia genotípica al diagnóstico de la infección por el VIH-1, 118 presentaron resistencia a fármacos antirretrovirales, lo que implica una prevalencia global de resistencias primarias del 15,6%. La prevalencia en el periodo A fue menor que en el periodo B [12,0% (41/341) vs 18,5% (77/416); p=0,014). Los porcentajes de resistencia para cada familia de antirretrovirales fueron: Inhibidores de la transcriptasa inversa no análogos de nucleósidos (ITINN) (10,1%), inhibidores de la transcriptasa inversa análogos de nucleósidos (ITIAN) (5,0%) e inhibidores de la proteasa (2,2%). En cuanto a la presencia de multirresistencia, el 90,6% de los pacientes presentaron resistencia a una sola familia, el 6,7% a dos familias y el 2,5% a las 3 familias, con similar distribución por periodos, a excepción de los pacientes que presentaron resistencia a una sola familia, en los que se observó un mayor porcentaje de resistencia en el segundo periodo. A partir de la secuencia del gen pol, hicimos el subtipado mediante 4 métodos: 3 herramientas automáticas basadas en diferentes criterios (Geno2pheno, Rega y COMET); y un análisis filogenético. La reconstrucción filogenética fue inferida por el método de Máxima verosimilitud (Maximum likelihood) mediante el programa FastTree a través de la plataforma CIPRES. Se tomó como criterio para la asignación a un subtipo determinado, el agrupamiento consistente (valores de bootstrap ≥70%) con una secuencia de referencia. Las secuencias que no pudieron asociarse a un subtipo puro o CRF conocida fueron analizadas con el programa Simplot para encontrar señales de recombinación. Para el análisis de las cadenas de transmisión se empleó en primer lugar el programa MEGA v6.06 y el método Neighbor Joining (NJ) para obtener una filogenia preliminar. De ella eliminamos todas aquellas secuencias que formaban parte de ramas con valores de bootstrap menores al 80%. Finalmente, construimos un nuevo árbol filogenético por el método de Maximum likelihood con FastTree a través de CIPRES. Así, seleccionamos los clusters con un valor de bootstrap ≥90% y se realizó un estudio de las CT en general y otro pormenorizado de aquellas representadas por cinco secuencias o más, analizando las diferentes variables de interés clínico, epidemiológico y virológico. 559 pacientes presentaron subtipo B (73,8%), y 198 subtipo no-B (26,2%), siendo la forma CRF51_01B (5,8%) la más prevalente, seguida de CRF19_cpx (2,8%) y CRF02_AG y CRF30_0206 (1,8%). La distribución de las variantes del VIH-1 en la clasificación del subtipo B variaba de forma significativa según el método utilizado para la determinación del subtipo viral (p<0,001), siendo similar el porcentaje encontrado en la filogenia (73,8%) y la herramienta Rega (75,6%) por un lado, y COMET (82,6%) y Geno2pheno (83,6%), por otro. En las variantes no-B también encontramos diferencias significativas (p<0,003) dependiendo de la opción de subtipado utilizada. Rega mostró mayor correlación con el estudio filogenético en el subtipo B (73,8% vs 75,6%), y también para los no-B (24,4% vs 26,2%). Considerando la cohorte completa, la sensibilidad de las tres herramientas automáticas era superior al 90%, destacando entre ellas la versión 3.4 de Geno2pheno, con una sensibilidad cercana al 100% (99,18; IC 95%: 98,46-99,90). Sin embargo, cuando nos centramos en las variantes no-B, solo Rega 3.0 se acercó a una sensibilidad para identificarlas del 50% (46,46; IC 95%: 39,52-53,41), si bien la especificidad era superior al 90% en todos los casos. Al realizar el estudio filogenético, 451 pacientes (59,6%) se agruparon en 53 CT o clusters diferentes, 17 de ellas formadas por cinco o más pacientes cada una. El estudio epidemiológico mediante el análisis filogenético nos ha permitido demostrar que, en nuestra área, más del 50% de los pacientes se agrupa en una CT, alguna de ellas con número elevado de sujetos. En la mayoría de los casos la transmisión de estas cepas ocurre entre hombres que tienen sexo con hombres. Son de especial interés las CT en las cuales se agrupan pacientes con subtipos no-B y con resistencia a alguna familia de antirretrovirales, fundamentalmente a ITINN. De los 118 pacientes que presentaban resistencia a las diferentes familias de antirretrovirales, 94 (79,7%) se asociaron a alguna CT.
Keywords: Infecciones por VIH - Tesis doctorales; VIH-1; Análisis filogenéticos; Subtipado; Clusters