• Accelerating exhaustive pairwise metagenomic comparisons 

      Pérez-Wohlfeil, Esteban; Torreno, Oscar; Trelles-Salazar, Oswaldo Rogelio (Springer, Cham, 2017-08-11)
      In this manuscript, we present an optimized and parallel version of our previous work IMSAME, an exhaustive gapped aligner for the pairwise and accurate comparison of metagenomes. Parallelization strategies ...
    • Algorithms and methods for large-scale genome rearrangements identification 

      Arjona Medina, Jose Antonio (UMA Editorial, 2017-06-28)
      Esta tesis es un compendio de tres artículos recientemente publicados en revistas de alto impacto, en los cuales mostramos el proceso que nos ha llevado a proponer la definición de Unidades Elementales de Conservación ...
    • Analyzing the differences between reads and contigs when performing a taxonomic assignment comparison in metagenomics 

      Rodríguez-Brazzarola, Pablo; Pérez-Wohlfeil, Esteban; Díaz-del-Pino, Sergio; Holthausen, Ricardo; Trelles-Salazar, Oswaldo Rogelio (Springer, Cham, 2018-03)
      Metagenomics is an inherently complex field in which one of the primary goals is to determine the compositional organisms present in an environmental sample. Thereby, diverse tools have been developed that are based on ...
    • Bioinformática y biomedicina 

      Trelles-Salazar, Oswaldo Rogelio (UMA/SEDOC, 2013-06-01)
      Los científicos confían en la potencia de cálculo de los ordenadores para desarrollar métodos rápidos y baratos, que en el futuro permitan a un individuo secuenciar su propio genoma. Enormes volúmenes de datos que son una ...
    • Desarrollo de una aplicación móvil en PG/CORDOVA para la gestión de datos, parametrización y ejecución de servicios web en bioinformática 

      Díaz-del-Pino, Sergio (2016-11-30)
      A lo largo de este documento se describe el plan de trabajo para el desarrollo de una aplicación basada en web, especialmente diseñada para móviles pero accesible desde cualquier navegador, así como sus características y ...
    • Flujo de Trabajo para el Análisis Exhaustivo de Metagenomas 

      Pérez-Wohlfeil, Esteban (2016-11-29)
      El desarrollo de nuevas tecnologías de adquisición de datos ha propiciado una enorme disponibilidad de información en casi todos los campos existentes de la investigación científica, permitiendo a la vez una especialización ...
    • High performance computing in the cloud 

      Torreño Tirado, Óscar (UMA Editorial, 2017-06-14)
      The numerous technological advances in data acquisition techniques allow the massive production of enormous amounts of data in diverse fields such as astronomy, health and social networks. Nowadays, only a small part of ...
    • Pairwise and incremental multi-stage alignment of metagenomes: A new proposal 

      Pérez-Wohlfeil, Esteban; Torreno, Oscar; Trelles-Salazar, Oswaldo Rogelio (Springer, 2017)
      Traditional comparisons between metagenomes are often performed using reference databases as intermediary templates from which to obtain distance metrics. However, in order to fully exploit the potential of the information ...
    • Paquete de R para análisis de redes epistáticas 

      Benavides García, Samuel F. (2016-11-30)
      Las mutaciones o cambios en la dotación genética de los organismos, son uno de los mecanismos básicos de la evolución de las especies. Estas pueden encontrarse en zonas codificantes o zonas no codificantes del genoma, ...
    • Workflows and service discovery: a mobile device approach 

      Holthausen, Ricardo; Díaz-Del-Pino, Sergio; Pérez-Wohlfeil, Esteban; Rodríguez-Brazzarola, Pablo; Trelles-Salazar, Oswaldo Rogelio (Springer, Cham, 2018-03)
      Bioinformatics has moved from command-line standalone programs to web-service based environments. Such trend has resulted in an enormous amount of online resources which can be hard to find and identify, let alone execute ...