Listar por autor "Claros-Diaz, Manuel Gonzalo"
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A workflow with dedicated tools for preparing reference transcriptomes from non-model organisms has evidenced important biological information
Claros-Diaz, Manuel Gonzalo
; Benzekri, Hicham; Seoane, Pedro; Carmona Muñoz, Rosario Maria; Bautista-Moreno, Rocio; Guerrero-Fernández, Darío; Fernández-Pozo, Noé[et al.] (2014-10-01)
Construction transcriptomes of non-model organisms is a common task nowadays due to the advent of low-cost sequencing platforms. The non-model organisms require a de novo assembling strategy since no reference is available. ... -
Análisis Bioinformático del Transcriptoma del Pino
(UMA Editorial, 2021-09-17)Las especies del género Pinus son de gran interés económico y ecológico en todo el mundo, y especialmente en el hemisferio norte. Sin embargo estas especies carecen de un genoma secuenciado debido a la complejidad y los ... -
Analysis of hypervariable DNA sequences by NGS technologies: QuasiFlow
Viguera-Minguez, Enrique; Díaz-Martínez, Luis; Grande-Perez, Ana; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Seoane Zonjic, Pedro (2016-11-14)
The development of Next Generation Sequencing (NGS) technologies has allowed deep characterization of highly variable sequences such as viral or mitochondrial genomes. With respect to RNA and ssDNA viruses, their low ... -
Analysis of viral quasispecies by NGS technologies: quasiflow
Díaz-Martínez, Luis; Seoane Zonjic, Pedro; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Viguera-Minguez, Enrique; Grande-Perez, Ana (Sociedad Española de Virología, 2017)
We have developed QuasiFlow, a workflow designed in AutoFlow that takes advantage of NGS technologies to reconstruct quasispecies based in Illumina reads. QuasiFlow characterises and computes several key parameters, such ... -
Bioinformatic analyses of olive pollen tube and seed transcriptomes and their integration in an interactive olive expression atlas
Bullones, Amanda; Fernández-Pozo, Noé; Lima-Cabello, Elena; Castro, Antonio Jesús; Alché-Ramírez, Juan de Dios; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo[et al.] (2022)
The olive tree (Olea europaea L.) is of great socioeconomic importance due to the production of oil and table olives, and the seed is also an emergent source of nutraceuticals (Jiménez-Ruiz et al., 2020) and feed supplements ... -
Biomarcadores de cáncer de pulmón basados en la expresión de genes, transportes y secuencias repetitivas.
(UMA Editorial, 2020-02-21)Uno de los grandes avances terapéuticos es la medicina personalizada, que se basa en biomarcadores que ayudan en la filiación y elección del tratamiento. La mayoría de los biomarcadores se basan en variaciones génicas y ... -
Comparative bioinformatic analysis by RNA-seq of patients from Regional Hospital of Malaga with two types of lung cancer
(2021-07-15)Differentially genes expressed were identified using iDEP tool. A total of 4513 DEGs were identified in LUAD and 5369 in LUSC. The upregulated and downregulated genes were applied to analyze the GO: biological process, ... -
Construction of miRNA–mRNA networks for the identification of lung cancer biomarkers in liquid biopsies
Espinosa García, Elena María; Arroyo Varela, Macarena; Larrosa-Jiménez, Rafael; Gomez‑Maldonado, Josefa; Cobo Dols, Manuel Ángel; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Bautista-Moreno, Rocio[et al.] (Springer Nature, 2022-10-12)
Lung cancer (LC) is the most common cause of cancer death worldwide mostly due to the low survival rate: 75% of cases are identified in advanced stages. In this study, the list of useful biomarkers to make an early diagnosis ... -
Creación y uso de los flujos de trabajo bioinformáticos
(UMA Editorial, 2016)En el año 2012 comencé mi doctorado en el Departamento de Biología Molecular y Bioquímica, aunque alojado en la Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB), emplazado en el edificio de Supercomputación y Bioinnovación sito ... -
Estudio bioinformático del transcriptoma reproductivo de olivo (Olea europaea L.) y aplicaciones
(UMA Editorial, 2021)El olivo (Olea europaea L.) es una planta de gran relevancia tanto social como económica: no solo es una de las especies productoras de aceite más importantes del área mediterránea, sino que también tiene trascendencia en ... -
Exploración funcional y alergénica de los tejidos reproductivos del olivo (Olea europaea)
(2022)El olivo (Olea europaea) tiene una gran importancia socioeconómica debido a la producción de aceite y aceitunas de mesa. España es el primer productor mundial y, de las 272 variedades presentes en nuestro país, Picual es ... -
OliveAtlas: a gene expression atlas tool for olea europaea
Bullones, Amanda; Castro, Antonio Jesús; Lima-Cabello, Elena; Alché, Juan de Dios; Luque, Francisco; Claros-Díaz, Manuel Gonzalo; Fernández-Pozo, Noé[et al.] (MDPI, 2023-03-10)
The olive (Olea europaea L.) is an ancient crop of great importance in the Mediterranean basin due to the production of olive oil and table olives, which are important sources of fat and have benefits for human health. ... -
Plataforma de supercomputación para bioinformática
(Servicio de Publicaciones y Divulgacion Científica, 2015)En el año 2007 la Universidad de Málaga amplió y trasladó sus recursos de cálculo a un nuevo centro dedicado exclusivamente a la investigación: el edificio de Supercomputación y Bioinnovación sito en el Parque Tecnológico ... -
The epiphytic transcriptome of Podosphaera fusca and its predicted secretome
Vela-Corcía, David; Bautista-Moreno, Rocio; De-Vicente-Moreno, Antonio; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Spanu, Pietro; Perez-Garcia, Alejandro[et al.] (2014-07-24)
The cucurbit powdery mildew fungus Podosphaera fusca, is a major limiting factor for cucurbit production worldwide. Despite its agronomic and economic importance, very little is known about fundamental aspects of P. fusca ... -
The probiotic strain Shewanella putrefaciens Pdp11 strongly modulates gene expression of the fish pathogen Vibrio harveyi
Delgado-Martín, Belén; Cerezo Ortega, Isabel M.; Domínguez-Maqueda, Marta; Bautista-Moreno, Rocio; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Tapia-Paniagua, Silvana Teresa; Balebona-Accino, Maria del Carmen; Moriñigo-Gutierrez, Miguel Angel[et al.] (2022)
In this work, the interaction between the fish probiotic Shewanella putrefaciens Pdp11 and the fish pathogen V. harveyi was studied by RNA-seq to understand how SpPdp11 interferes with the pathogen through bioinformatics ...