• A workflow with dedicated tools for preparing reference transcriptomes from non-model organisms has evidenced important biological information 

      Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Benzekri, Hicham; Seoane, Pedro; Carmona, Rosario; Bautista, Rocío; [et al.] (2014-10-01)
      Construction transcriptomes of non-model organisms is a common task nowadays due to the advent of low-cost sequencing platforms. The non-model organisms require a de novo assembling strategy since no reference is available. ...
    • Analysis of hypervariable DNA sequences by NGS technologies: QuasiFlow 

      Viguera-Minguez, Enrique; Díaz Martínez, Luis; Grande-Perez, Ana; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Seoane Zonjic, Pedro (2016-11-14)
      The development of Next Generation Sequencing (NGS) technologies has allowed deep characterization of highly variable sequences such as viral or mitochondrial genomes. With respect to RNA and ssDNA viruses, their low ...
    • Analysis of viral quasispecies by NGS technologies: quasiflow 

      Diaz-Martínez, Luis; Seoane Zonjic, Pedro; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Viguera-Minguez, Enrique; Grande Pérez, Ana (Sociedad Española de Virología, 2017)
      We have developed QuasiFlow, a workflow designed in AutoFlow that takes advantage of NGS technologies to reconstruct quasispecies based in Illumina reads. QuasiFlow characterises and computes several key parameters, such ...
    • Biomarcadores de cáncer de pulmón basados en la expresión de genes, transportes y secuencias repetitivas. 

      Arroyo Varela, Macarena (UMA Editorial, 2020-02-21)
      Uno de los grandes avances terapéuticos es la medicina personalizada, que se basa en biomarcadores que ayudan en la filiación y elección del tratamiento. La mayoría de los biomarcadores se basan en variaciones génicas y ...
    • Creación y uso de los flujos de trabajo bioinformáticos 

      Seoane Zonjic, Pedro (UMA Editorial, 2016)
      En el año 2012 comencé mi doctorado en el Departamento de Biología Molecular y Bioquímica, aunque alojado en la Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB), emplazado en el edificio de Supercomputación y Bioinnovación sito ...
    • Plataforma de supercomputación para bioinformática 

      Guerrero Fernández, Diego Darío (Servicio de Publicaciones y Divulgacion Científica, 2015)
      En el año 2007 la Universidad de Málaga amplió y trasladó sus recursos de cálculo a un nuevo centro dedicado exclusivamente a la investigación: el edificio de Supercomputación y Bioinnovación sito en el Parque Tecnológico ...
    • The epiphytic transcriptome of Podosphaera fusca and its predicted secretome 

      Vela-Corcía, David; Bautista, Rocío; De Vicente, Antonio; Claros-Diaz, Manuel Gonzalo; Spanu, Pietro; [et al.] (2014-07-24)
      The cucurbit powdery mildew fungus Podosphaera fusca, is a major limiting factor for cucurbit production worldwide. Despite its agronomic and economic importance, very little is known about fundamental aspects of P. fusca ...