• A Multi-Objective Optimization Framework for Multiple Sequence Alignment with Metaheuristics 

      Zambrano-Vega, Cristian; Nebro, Antonio J.; García-Nieto, José; Aldana-Montes, Jose Francisco (2017-05-02)
      The alignment of more than two biological sequences is a widely used technique in a number of areas of computational biology. However, finding an optimal alignment has been shown to be an NP-complete optimization problem. ...
    • A New Multi-Objective Approach for Molecular Docking Based on RMSD and Binding Energy 

      López-Camacho, Esteban; García Godoy, María Jesús; García-Nieto, José; Nebro, Antonio J.; Aldana-Montes, Jose Francisco (2016-07-12)
      Ligand-protein docking is an optimization problem based on predicting the position of a ligand with the lowest binding energy in the active site of the receptor. Molecular docking problems are traditionally tackled with ...
    • A Study of Archiving Strategies in Multi-Objective PSO for Molecular Docking 

      García-Nieto, José; López-Camacho, Esteban; García-Godoy, María Jesús; Nebro, Antonio J.; Durillo, Juan J.; [et al.] (2016-09-30)
      Molecular docking is a complex optimization problem aimed at predicting the position of a ligand molecule in the active site of a receptor with the lowest binding energy. This problem can be formulated as a bi-objective ...
    • Análisis de los datos del acelerómetro para detección de actividades 

      Hurtado Requena, Sandro; Barba-González, Cristóbal; Rybinski, Maciej; Baron-Lopez, Francisco Javier; Wärnberg, Julia; [et al.] (2018-10-03)
      La inactividad física es uno de los principales factores de riesgo de mortalidad y su relación con las principales enfermedades crónicas es objeto de intensas investigaciones medicas. Un método objetivo de la evaluación ...
    • Application of Semantics to Solve Problems in Life Sciences 

      Garcia Godoy, Maria Jesus (UMA Editorial, 2018)
      La cantidad de información que se genera en la Web se ha incrementado en los últimos años. La mayor parte de esta información se encuentra accesible en texto, siendo el ser humano el principal usuario de la Web. Sin embargo, ...
    • Artificial decision maker driven by PSO: an approach for testing reference point based interactive methods 

      Ojalehto, Vesa; Nebro, Antonio J.; Miettinen, Kaisa; Aldana-Montes, Jose Francisco; García-Nieto, José; [et al.] (2018-09-14)
      Over the years, many interactive multiobjective optimization methods based on a reference point have been proposed. With a reference point, the decision maker indicates desirable objective function values to iteratively ...
    • Big Data Optimization : Algorithmic Framework for Data Analysis Guided by Semantics 

      Barba González, Cristóbal (UMA Editorial, 2018-10-30)
      Over the past decade the rapid rise of creating data in all domains of knowledge such as traffic, medicine, social network, industry, etc., has highlighted the need for enhancing the process of analyzing large data volumes, ...
    • Bioqueries: a collaborative environment to create, explore and share SPARQL queries in Life Sciences 

      Navas-Delgado, Ismael; García-Godoy, Maria Jesús; López-Camacho, Esteban; Aldana-Montes, Jose Francisco (2016)
      Bioqueries provides a collaborative environment to create, explore, execute, clone and share SPARQL queries (including Federated Queries). Federated SPARQL queries can retrieve information from more than one data source.
    • Bioqueries: a collaborative environment to create, explore and share SPARQL queries in Life Sciences 

      García-Godoy, Maria Jesús; López-Camacho, Esteban; Navas-Delgado, Ismael; Aldana-Montes, Jose Francisco (2016)
      Bioqueries provides a collaborative environment to create, explore, execute, clone and share SPARQL queries (including Federated Queries). Federated SPARQL queries can retrieve information from more than one data source.
    • Coordinación de casos prácticos en asignaturas del área de conocimiento “Gestión de la Información” según modelo curricular de informática de la ACM/IEEE 2013 

      García-Nieto, José; Navas-Delgado, Ismael; Roldán-García, María del Mar; Nebro, Antonio J.; Gómez López, María Teresa; [et al.] (2017-07-04)
      Este artículo presenta el estado de desarrollo y resultados preliminares del proyecto de innovación docente de la Universidad de Málaga (PIE15-183): Coor-dinación de casos prácticos en asignaturas del área de conocimiento ...
    • Docking Inter/Intra-Molecular Mediante Metaheurísticas Multi-objetivo 

      López-Camacho, Esteban; García Godoy, María Jesús; García-Nieto, José; Nebro, Antonio J.; Aldana-Montes, Jose Francisco (2015-02-11)
      El Acoplamiento Molecular (Molecular Docking) es un problema de optimización de gran complejidad que consiste en predecir la orientación de dos moléculas: el ligando y el receptor, de manera que formen un complejo molecular ...
    • Dynamic Multi-Objective Optimization With jMetal and Spark: a Case Study 

      Cordero, José A.; Nebro, Antonio J.; Barba-González, Cristóbal; Durillo, Juan J.; García-Nieto, José; [et al.] (2016-09-15)
      Technologies for Big Data and Data Science are receiving increasing research interest nowadays. This paper introduces the prototyping architecture of a tool aimed to solve Big Data Optimization problems. Our tool combines ...
    • Estudio de Estrategias de Archivo en PSO Multi-Objetivo para el Docking Molecular 

      López-Camacho, Esteban; García-Godoy, María Jesús; García-Nieto, José; Nebro, Antonio J.; Aldana-Montes, Jose Francisco (2016)
      El acoplamiento molecular es un problema de optimización complejo cuyo objetivo es la predicción de la posición de un ligando en el sitio activo de un receptor con la mínima energía de unión. Este problema puede ser formulado ...
    • Un Framework para Big Data Optimization Basado en jMetal y Spark 

      Barba-González, Cristóbal; Nebro, Antonio J.; García-Nieto, José; Cordero, José A.; Durillo, Juan J.; [et al.] (2016)
      Las metaheurísticas multi-objetivo se han convertido en técnicas muy utilizadas para la resolución de problemas complejos de optimización compuestos de varias funciones objetivo en conflicto entre sí. Nos encontramos en ...
    • Improving approximation of domain-focused, corpus-based, lexical semantic relatedness 

      Rybinski, Maciej (UMA Editorial, 2017-06-25)
      Semantic relatedness is a measure that quantifies the strength of a semantic link between two concepts. Often, it can be efficiently approximated with methods that operate on words, which represent these concepts. Approximating ...
    • iNGS: a prototype tool for genome interpretation and annotation 

      Navas-Delgado, Ismael; García Godoy, María Jesús; Arjona-Pulido, Fátima; Castillo-Castillo, Trinidad; Ramos-Ostio, Ana Isabel; [et al.] (EMBnet.journal, 2013)
      Currently, clinical interpretation of whole-genome NGS genetic findings are very low-throughput because of a lack of computational tools/software. The current bottleneck of whole-genome and whole-exome sequencing projects ...
    • kpath: An example of metabolic pathway data integration using Linked Data 

      Navas-Delgado, Ismael; García-Godoy, Maria Jesús; López-Camacho, Esteban; Ribinski, Maciej; Reyes-Palomares, Armando; [et al.] (2016)
      The main databases related to metabolic pathways, such as Kegg, Brenda, Reactome and Biocyc, provide partially interlinked data on metabolic pathways. This limitation only allows independent searches to retrieve cross-database ...
    • La enseñanza del metabolismo: retos y oportunidades 

      Medina, Miguel Ángel; Suarez-Marin, Maria Fernanda; Alonso-Carrion, Francisco Jose; Valpuesta-Fernandez, Victoriano; Heredia-Bayona, Antonio; [et al.] (2017-12)
      Hemos estructurado los contenidos del libro en diversas secciones. La primera presenta el Proyecto en cuyo marco se ha gestado la iniciativa que ha conducido a la edición del presente libro. La segunda sección la hemos ...
    • Melanoma expression analysis with Big Data technologies 

      Fernandez-Rovira, Alicia; Lavado-Valenzuela, Rocio; Berciano-Guerrero, Miguel Angel; Navas-Delgado, Ismael; Aldana-Montes, Jose Francisco (PeerJ, 2017-09-26)
      Melanoma is a highly immunogenic tumor. Therefore, in recent years physicians have incorporated drugs that alter the immune system into their therapeutic arsenal against this disease, revolutionizing in the treatment of ...
    • Metaheurísticas de optimización multiobjetivo aplicadas a la inferencia filogenética y al alineamiento múltiple de secuencias 

      Zambrano Vega, Cristian Gabriel (UMA Editorial, 2017)
      La temática sobre la que ha girado esta tesis doctoral ha sido la optimización de dos problemas del campo de la Bioinformática: la Inferencia Filogenética y al Alineamiento Múltiple de Secuencias usando metaheurísticas ...