El análisis de las diferencias salariales entre hombres y mujeres ha sido profusamente realizado para la economía española, mostrándose como tendencia habitual, en los trabajos de investigación publicados, la existencia de una relación estadísticamente significativa y negativa entre la presencia de mujeres en las empresas y el salario percibido. Sin embargo, el estudio de las productividades marginales de los trabajadores en función de su sexo y la ocupación que poseen en las empresas ha sido tratado escasamente debido, entre otras cosas, a la escasez de fuentes de información secundaria para la economía, que permitan realizar este tipo de análisis. En este trabajo se utilizan más de 100,000 observaciones de más de 10,000 empresas de todos los sectores productivos, para el período 2004-2014, procedentes del Panel de Innovación Tecnológica (PITEC), elaborado conjuntamente por el Instituto Nacional de Estadística de España (INE) y por la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología. Con esta información, y mediante la aplicación de una función Cobb-Douglas donde las características relacionadas con la ocupación de los trabajadores y su sexo se incluyen conjuntamente, se analiza en este trabajo las diferencias en las productividades marginales en función de las variables señaladas. Los resultados obtenidos muestran que existe una incidencia estadísticamente significativa y negativa entre la proporción de mujeres en la empresa y el proxy utilizado para medir la productividad laboral en esas entidades. Esta tendencia negativa y estadísticamente significativa se repite cuando los resultados hacen referencia a las diferentes ocupaciones de los trabajadores cuando, además, se considera su sexo.