La variación de la productividad en el sector transportes de la economía española ha sido ampliamente estudiado en los últimos años, pero la introducción de medidas ecoinnovadoras en este sector que se traduzcan en mejoras de la productividad laboral no ha tenido tanta atención por parte de los investigadores de este campo. En este documento se ha analizado, mediante la utilización de un modelo estructural CDM que relaciona las inversiones en I+D, la generación de innovación y la productividad, las consecuencias sobre la productividad laboral de las empresas del sector transportes de la introducción de medidas innovadoras conducentes a la reducción del impacto medioambiental de la actividad que desarrollan y de otros factores utilizados en la literatura sobre innovación tecnológica. Para alcanzar este objetivo, se ha utilizado la base de datos elaborada conjuntamente por el Instituto Nacional de Estadística de España (INE) y por la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología denominada Panel de Innovación Tecnológica (PITEC). Concretamente se ha partido de una muestra de 225 empresas con datos referidos al período 2008-2013, correspondientes a los grupos de la Clasificación Nacional de Actividades Económicas (CNAE-2009), números 49 a 53. Los resultados econométricos obtenidos mediante la aplicación de la metodología CDM muestran que la introducción de medidas innovadoras que reduzcan el impacto medioambiental tiene una incidencia estadísticamente significativa y positiva sobre la productividad laboral de las empresas de transportes españolas. Ese efecto positivo sobre la productividad laboral puede alcanzar el 8.35% para la empresas ecoinnovadoras frente a aquellas que no lo son. Estos resultados pueden estimular a las empresas de este sector a mejorar su compromiso con el medioambiente y, con ello, mejorar sus resultados.