Pseudomonas chlororaphis PCL1606 es una rizobacteria, que muestra capacidad antagonista y actividad de biocontrol frente a diferentes hongos fitopatógenos de suelo, entre ellos Rosellinia necatrix, que produce la enfermedad denominada podredumbre blanca radicular en el aguacate. Entre otros factores, se ha demostrado que PCL1606 produce un compuesto antifúngico (2-hexil, 5-propil resorcinol o HPR), que resulta clave para el antagonismo y la actividad biocontrol contra R. necatrix.
En este trabajo se aborda el estudio en detalle de los procesos de interacción que tienen lugar durante el biocontrol de PCL1606 frente a R .necatrix en la raíz de aguacate. Para ello, se realizará una aproximación mediante RNA-seq, y que revelará que RNA mensajeros están presentes en ese determinado momento, permitiendo la identificación de los genes que se expresan durante el proceso de interacción, y la posible función e implicación en el proceso. Para la puesta a punto de un modelo experimental de interacción sobre el que realizar análisis moleculares, se han iniciado los experimentos realizando análisis de RNA-seq sobre placas de medio de cultivo, que revelaron la inducción y represión de distintos genes de PCL1606 en presencia/ausencia de R. necatrix. Genes representativos seleccionados se emplean como controles para estimar, mediante experimentos qRT-PCR, las condiciones experimentales del ensayo sobre raíz de aguacate. Una vez validado el modelo experimental, se iniciará el estudio de las interacciones multitróficas que tienen lugar mediante análisis de RNA-seq a las distintas condiciones de ensayo. El resultado previsto contempla que el análisis de los genes que se induzcan/repriman en este proceso, aportarán información fundamental sobre la biología del agente de biocontrol y los procesos que tienen lugar durante las interacciones multitróficas en el biocontrol.
