La especie Photobacterium damselae está subdividida en 2 subespecies: damselae (PDP) y piscicida (PDP). PDP es el agente causal de la fotobacteriosis en peces, mientras que PDD afecta a gran variedad de animales marinos, y es un patógeno oportunista para humanos. Ambas subespecies poseen diversos mecanismos de asimilación de hierro. Así, ambas comparten los mecanismos de utilización del grupo hemo como fuente de hierro. Los genes que codifican estos sistemas son prácticamente idénticos en las dos subespecies. Además, parecen compartir otro sistema basado en la utilización de citrato endógeno. Por otra parte, PDD y PDP poseen sistemas específicos de asimilación de hierro basados en la síntesis de sideróforos. En PDP el único sideróforo identificado es la piscibactina, cuya síntesis está codificada en un plásmido movilizable. Este sideróforo juega un papel crucial en la virulencia de las cepas que lo poseen. PDD no posee piscibactina. En esta subspecie existe una gran diversidad intraespecífica en cuanto a los mecanismos de asimilación de hierro. En algunas cepas se ha demostrado la producción de vibrioferrina, un sideróforo común en algunas especies de Vibrio, codificado en una isla genómica. Sin embargo, en otras cepas de PDD el único sistema presente parece ser la producción de citrato endógeno y en otro grupo de cepas el mecanismo concreto es desconocido. Por tanto, a pesar de su elevada proximidad genética, las dos subspecies de P. damselae poseen una gran diversidad en cuanto a sus mecanismos de asimilación de hierro, lo que probablemente contribuye a que puedan colonizar diferentes hábitats y hospedadores. Algunos de estos sistemas pueden también ser aprovechados como dianas para el desarrollo de nuevos tratamientos para combatir las infecciones causadas por estas dos bacterias.
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