Se profundiza en varios aspectos que conciernen a los recursos hídricos en la cuenca hidrográfica del río Santiago, localizada en el centro-occidente de México, con una extensión de casi ochenta mil kilómetros cuadrados. En primer lugar, mediante una intensa revisión bibliográfica y del tratamiento de datos espaciales y series temporales, se hace una caracterización del medio físico en el área de estudio (topografía, características climáticas, geología, edafología, vegetación, hidrología superficial e hidrogeología) y se mencionan algunos aspectos del contexto antrópico (usos del suelo, legislación y gestión de agua, demografía, socioeconómica). Se crea cartografía detallada, a la par que se preparan capas de información geográfica con mejor resolución que las disponibles hasta el momento. Todo ello permite optimizar los trabajos de investigación y de gestión de los recursos hídricos en la cuenca. Asimismo, se propone una delimitación de 29 de sus acuíferos, atendiendo criterios hidrogeológicos. En segundo lugar, se caracteriza la calidad del agua del río Santiago, a lo largo de sus casi 550 km de longitud, a partir de datos tomados en campo y de información recabada por instituciones públicas. Se identifican las principales causas de la contaminación: vertidos de aguas residuales urbanas y, en menor medida, aguas residuales industriales. La mayor parte de la contaminación se produce en las zonas aledañas a la ciudad de Guadalajara (con una población de cerca de 5 millones de habitantes): a través del Arroyo de El Ahogado y de vertidos cerca de la Barranca de Huentitán.