La necesidad de establecer medidas de gestión dirigidas a proteger los Ecosistemas Marinos Vulnerables (VMEs) implica obtener información sobre el estado de conservación de los hábitats marinos profundos y de las comunidades biológicas que los ocupan. Para este tipo de estudios se cuenta actualmente con el apoyo de modernos sistemas de muestreo basados en vehículos submarinos que permiten obtener de forma no invasiva la información necesaria, y con la suficiente resolución espacial como para proponer medidas de gestión que garanticen su conservación. Estos sistemas se basan en la obtención sistemática de imágenes (fotografía y vídeo), asociadas a variables ambientales, lo que genera un gran volumen de datos que es necesario procesar de forma eficaz en un tiempo razonable. Se explican en esta conferencia las metodologías asociadas al uso de plataformas multiparamétricas sumergidas (landers), trineos de fotogrametría y vehículos operados remotamente (ROVs), utilizados por el Instituto Español de Oceanografía durante sus campañas de investigación. Los resultados procedentes de estos modernos sistemas de muestreo están proporcionando una valiosa información para que España cuente con un conjunto de Áreas Marinas Protegidas, en el contexto de la Red Natura 2000 Europea, que garantice la conservación de los ecosistemas marinos profundos mas relevantes de nuestras aguas. Finalmente se exponen los últimos avances en el desarrollo de estas metodologías basado en la aplicación de técnicas fotogramétricas.