En España, el control del oídio de las cucurbitáceas (Podosphaera xanthii) depende principalmente del empleo de fungicidas como los inhibidores de la quinona externa (QoI). En un trabajo anterior, se observó una resistencia generalizada a los fungicidas QoI en poblaciones de P. xanthii en el centro-sur de España, pero no se terminaron de aclarar los mecanismos moleculares implicados. En este trabajo hemos estudiado el papel de la proteína de Rieske-FeS (risp) y de las mutaciones en el gen del citocromo b (cytb) en la resistencia a fungicidas QoI en P. xanthii. No se detectaron mutaciones en el gen risp en los aislados resistentes analizados. Para cytb, el análisis de las secuencias reveló la presencia de la sustitución G143A, previamente descrita y asociada a la resistencia a QoI en varias especies. Esta mutación siempre se detectaba en aislados resistentes a QoI; sin embargo, también se detectaba en aislados sensibles aunque con menor frecuencia. Para comprobar si la heteroplasmia del gen cytb estaba implicada en la resistencia a los fungicidas QoI en P. xanthii, se desarrolló una reacción en cadena de la polimerasa específica de alelo y cuantitativa, para determinar la abundancia relativa de los alelos G143 (sensible) y A143 (resistente). En los aislados resistentes a los fungicidas QoI se observó una abundancia relativa de los alelos A143 del 70% y en los aislados sensibles estas frecuencias variaban entre el 10% y el 60%. Nuestros datos sugieren que la mutación G143A en el gen cytb es el principal factor implicado en la resistencia a QoI en P. xanthii, pero la proporción de los alelos G143 y A143 en cada aislado puede determinar su nivel de resistencia.