No presente trabalho apresentamos a caracterização da assembleia microfitoplanctônica na Baía de Todos os Santos, considerando as condições abióticas locais, em uma curta série temporal, com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre os padrões de composição, diversidade e distribuição do fitoplâncton na baía. Foram realizadas amostragens em três dias consecutivos, no mês de setembro 2016, em cinco pontos distribuídos no setor nordeste da baía. Foram medidos in situ a temperatura, salinidade, oxigênio dissolvido e transparência da água. Amostras foram coletadas utilizando-se garrafa de Van Dorn (1L), em subsuperfície (~0,5m), para análises quantitativas do microfitoplâncton. Amostras de 20mL foram coletadas por meio de arrastos horizontais de rede de plâncton de 20μm de abertura de malha, para análises de composição da comunidade. Os taxa foram identificados com base em literatura especializada e as análises quantitativas foram realizadas segundo o método de Utermöhl. As variáveis abióticas evidenciaram um ambiente homogêneo, com uma massa d’água quente e salina, tipicamente marinha. Foram identificados 104 táxons e as diatomáceas apresentaram a maior riqueza e abundância de espécies, demonstrando um padrão típico encontrado em sistemas estuarinos tropicais. Considerando a importância da composição e estrutura da comunidade fitoplanctônica para o equilíbrio ecológico da baía e manutenção dos serviços ecossistêmicos, destacamos a ocorrência de espécies potencialmente nocivas, capazes de provocar danos ao sistema em caso de florações, a exemplo do que já ocorreu na ocasião da floração de Akashiwo sanguinea no ano de 2007.
