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dc.contributor.advisorGonzalez-Navarro, Sonia 
dc.contributor.advisorPlata-Gonzalez, Oscar Guillermo 
dc.contributor.authorHerruzo Ruiz, José Manuel
dc.contributor.otherArquitectura de Computadoreses_ES
dc.date.accessioned2021-01-29T06:19:23Z
dc.date.available2021-01-29T06:19:23Z
dc.date.created2020-07-20
dc.date.issued2021-01-27
dc.date.submitted2020-07-16
dc.identifier.citationMálaga : UMA Editorial, 2020es_ES
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10630/20859
dc.descriptionFinalmente, también realizamos un estudio experimental de varias arquitecturas con diferentes tecnologías de memoria (DDR y HBM) y núcleos de procesamiento de distintos tipos, explotando, en algunos casos, procesamiento en la memoria (PIM). La aplicación de referencia es Bowtie2, una aplicación completa para el alineamiento de secuencias en el genoma. La implementación y evaluación de estas arquitecturas se realiza utilizando un simulador arquitectural basado en gem5.es_ES
dc.description.abstractLa combinación de la aparición de un cuello de botella en el acceso a los datos y la creciente importancia de las aplicaciones de procesamiento intensivo de datos, muy limitadas por el sistema de memoria, crea un importante problema que debe ser abordado. Por ello, en esta tesis nos proponemos afrontar este problema e intentar reducir su efecto en la medida de lo posible. El principal objetivo de esta tesis es el diseño de nuevas soluciones arquitecturales y algorítmicas para superar el problema del cuello de botella conocido como memory-wall y mejorar el rendimiento de aplicaciones con gran uso de memoria que no son capaces de beneficiarse lo suficiente de las jerarquías de memoria actuales. Además, creemos que es esencial centrarse en la eficiencia energética, un factor cuya importancia crece cada día y uno de los factores más limitantes en la computación de alto rendimiento. Las principales contribuciones de esta tesis son: Primero, analizamos el comportamiento de aplicaciones con accesos de memoria aleatorios, que no aprovechan correctamente las nuevas arquitecturas de memoria con jerarquías cache profundas. Específicamente, analizamos la estructura de datos FM-index y un algoritmo de búsqueda de secuencias basado en esa estructura, ampliamente usado en el alineamiento de secuencias en el genoma. Después de este análisis y de obtener un conocimiento más detallado del cuello de botella de la memoria, proponemos una nueva versión de FM-index que permite reducir el consumo de ancho de banda de memoria, de forma que mejora significativamente el rendimiento computacional. Posteriormente, proponemos una nueva arquitectura energéticamente eficiente, basada en un cubo de memoria en 3D (3D-Stacked) al que añadimos unos núcleos sencillos de bajo consumo en su capa lógica. Esta arquitectura permite la ejecución cerca de los datos (near-data-processing)es_ES
dc.language.isoenges_ES
dc.publisherUMA Editoriales_ES
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesses_ES
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectInformática - Tesis doctoraleses_ES
dc.subject.otherInformáticaes_ES
dc.subject.otherArquitectura de Computadoreses_ES
dc.subject.otherProcessing-In-Memoryes_ES
dc.subject.otherAlineamiento de Secuenciases_ES
dc.subject.otherBioinformáticaes_ES
dc.titleGenome sequence alignment in processing-In-memory architectureses_ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesises_ES
dc.centroE.T.S.I. Informáticaes_ES
dc.rights.ccAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional*


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