La embriogénesis es un proceso complejo en las plantas, pero comprenderlo en las coníferas es especialmente crítico no sólo para poder hacer estudios comparativos con angiospermas sino también para producir embriones viables y de calidad con diferentes propósitos. Actualmente falta una visión comparativa global de los genes implicados en la embriogénesis somática y cigótica del pino. En este trabajo presentamos un análisis del transcriptoma en tres etapas del desarrollo de los embriones, identificando procesos biológicos conservados y funciones genéticas activas durante el proceso de embriogénesis somática y cigótica. La mayoria de las diferencias son más significativas a medida que avanza el desarrollo. Cuando comparamos etapas de desasrrollo similares, como es el estadio embrión maduro encontramos 1640 genes sobreexpresados en embriones cigóticos frente a 4814 genes en embriones somáticos.
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