Este trabajo tuvo como objetivo evaluar los efectos de la inclusión de la microalga Chlorella fusca sobre la microbiota intestinal y la expresión génica en juveniles de Chelon labrosus. Los peces fueron alimentados con una dieta de control (CT) o una dieta que contenía 15 % de biomasa de C. fusca (C-15) durante 90 días. A nivel de género, mientras que Brevinema, Cetobacterium y Pseudomonas fueron los predominantes en ambas secciones intestinales del grupo CT, Pseudomonas y Mycoplasma fueron el género más abundante en el grupo C-15. Además, la inclusión de C. fusca no afecta negativamente a las funciones bacterianas, estudiadas por forma predictiva. En general, el estudio de la expresión de genes indica que los peces alimentados con C. fusca muestran una respuesta de prevención ante ciertas situaciones de estrés y de protección frente a potenciales patógenos tanto de origen bacteriano como vírico.