A nivel global, México es de los países con mayor biodiversidad, pero también de los que soporta una destacada explotación de sus recursos naturales. La declaración de áreas naturales protegidas se ha convertido en una de las principales estrategias mexicanas para conservar la naturaleza. El artículo analiza los desafíos de esta herramienta de gestión territorial partiendo de la capacidad de gestión. Para alcanzar este fin, se realiza la oportuna revisión bibliográfica y el análisis de cuestionarios semiestructurados aplicados a actores clave de dos casos de estudio: las reservas de la biosfera Los Tuxtlas y Los Petenes. Los resultados demuestran que, si bien los espacios protegidas han contribuido a disminuir la destrucción del patrimonio natural, éste aún sigue sufriendo graves afectaciones a causa de los insuficientes recursos destinados a las políticas ambientales, lo que debilita la capacidad de gestión y, consiguientemente, dificulta alcanzar los objetivos de conservación.