Se presenta una metodología para evaluar el grado degradación geoecológica en la reserva de la biosfera de “Marismas Nacionales” y su área de influencia, en la subregión hidrológica del río San Pedro (Nayarit, México). Se trata de un espacio de gran biodiversidad sometido a fuertes tensiones ambientales, por el uso intensivo de actividades agrarias o pesqueras. La metodología parte de unidades geomorfológicas homogéneas. Sobre ellas se ha valorado el grado de perdida de naturalidad a través la superposición de capas de información. Estas caracterizan todos los elementos que suponen algún grado de alteración antrópica, lo cual incluye usos del suelo convencionales e intervenciones humanas muy específicas no incluidas en las cartografías de usos del suelo convencionales. En el apartado de resultados, se observa coincidencia espacial entre las áreas menos alteradas y las unidades geomorfológicas con terrenos más limitantes del desarrollo de actividades primarias (agricultura, pesca o ganadería). Así, el potencial de pérdida de naturalidad es en las áreas cercanas al litoral (cordones, deltas lacustres o cordones sumergidos), aumentando hacia las planicies deltaicas y aluviales del interior de la región. Estos hallazgos son relevantes en la medida en que pueden orientar medidas de planificación territorial o ecológica en la zona.