La válvula aórtica bicúspide (VAB) es la malformación cardíaca congénita más frecuente en humanos y aparece frecuentemente asociada con la dilatación de la aorta ascendente. Esta asociación es probablemente el resultado de una etiología común. Actualmente, una cepa de hámster sirio con una incidencia relativamente alta (∼40%) de VAB constituye el único modelo animal espontáneo de enfermedad por VAB. La caracterización de alteraciones moleculares en la aorta de hámsteres con VAB puede servir para identificar mecanismos fisiopatológicos y marcadores moleculares de la enfermedad en humanos. En este informe, evaluamos la expresión de diez genes de referencia candidatos en el tejido aórtico de hámsteres con el fin de identificar genes de mantenimiento para la normalización mediante ensayos de PCR cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR). Se utilizaron un total de 51 animales adultos (180-240 días de edad) y 56 animales viejos (300-440 días de edad). Pertenecían a una cepa control de hámsteres con válvula aórtica tricúspide normal (TAV; n = 30), o a la cepa afectada de hámsteres con TAV (n = 45) o BAV (n = 32). La estabilidad de la expresión de los genes de referencia candidatos se determinó mediante RT-qPCR utilizando tres algoritmos estadísticos, GeNorm, NormFinder y Bestkeeper. Los análisis de expresión mostraron que los genes de referencia más estables para los tres algoritmos empleados fueron Cdkn1β, G3pdh y Polr2a. Proponemos el uso de Cdkn1β, o tanto Cdkn1β como G3pdh como genes de referencia para los análisis de expresión de ARNm en la aorta de hámster sirio.