• A Multi-Objective Optimization Framework for Multiple Sequence Alignment with Metaheuristics 

      Zambrano-Vega, Cristian; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; García-Nieto, José; Aldana-Montes, Jose Francisco (2017-05-02)
      The alignment of more than two biological sequences is a widely used technique in a number of areas of computational biology. However, finding an optimal alignment has been shown to be an NP-complete optimization problem. ...
    • A Study of Archiving Strategies in Multi-Objective PSO for Molecular Docking 

      García-Nieto, José; López-Camacho, Esteban; García-Godoy, María Jesús; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Durillo, Juan J.; [et al.] (2016-09-30)
      Molecular docking is a complex optimization problem aimed at predicting the position of a ligand molecule in the active site of a receptor with the lowest binding energy. This problem can be formulated as a bi-objective ...
    • About Designing an Observer Pattern-Based Architecture for a Multi-objective Metaheuristic Optimization Framework 

      Benítez-Hidalgo, Antonio; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Durillo, Juan J.; García-Nieto, José; López-Camacho, Esteban; [et al.] (2018-11-05)
      Multi-objective optimization with metaheuristics is an active and popular research field which is supported by the availability of software frameworks providing algorithms, benchmark problems, quality indicators and other ...
    • Algoritmo Evolutivo Multi-Objectivo para la Toma de Decisiones Interactiva en Optimización Dinámica 

      Barba-González, Cristóbal; García-Nieto, José; Ruiz, Ana B.; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Luque-Gallego, Mariano; [et al.] (2018-11-09)
      Debido al creciente interés en el análisis de datos en streaming en entornos Big Data para la toma de decisiones, cada vez es más común la aparición de problemas de optimización dinámica que involucran dos o más objetivos ...
    • Análisis de los datos del acelerómetro para detección de actividades 

      Hurtado Requena, Sandro; Barba-González, Cristóbal; Rybinski, Maciej; Baron-Lopez, Francisco Javier; Wärnberg, Julia; [et al.] (2018-10-03)
      La inactividad física es uno de los principales factores de riesgo de mortalidad y su relación con las principales enfermedades crónicas es objeto de intensas investigaciones medicas. Un método objetivo de la evaluación ...
    • Artificial decision maker driven by PSO: an approach for testing reference point based interactive methods 

      Ojalehto, Vesa; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Miettinen, Kaisa; Aldana-Montes, Jose Francisco; García-Nieto, José; [et al.] (2018-09-14)
      Over the years, many interactive multiobjective optimization methods based on a reference point have been proposed. With a reference point, the decision maker indicates desirable objective function values to iteratively ...
    • Docking Inter/Intra-Molecular Mediante Metaheurísticas Multi-objetivo 

      López-Camacho, Esteban; García Godoy, María Jesús; García-Nieto, José; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Aldana-Montes, Jose Francisco (2015-02-11)
      El Acoplamiento Molecular (Molecular Docking) es un problema de optimización de gran complejidad que consiste en predecir la orientación de dos moléculas: el ligando y el receptor, de manera que formen un complejo molecular ...
    • Dynamic Multi-Objective Optimization With jMetal and Spark: a Case Study 

      Cordero, José A.; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Barba-González, Cristóbal; Durillo, Juan J.; García-Nieto, José; [et al.] (2016-09-15)
      Technologies for Big Data and Data Science are receiving increasing research interest nowadays. This paper introduces the prototyping architecture of a tool aimed to solve Big Data Optimization problems. Our tool combines ...
    • Enriquecimiento automático de ontologías biomédicas mediante el uso de mappings 

      García Godoy, María Jesús; López-Camacho, Esteban; Roldan-Garcia, Maria del Mar; Aldana-Montes, Jose Francisco (2018-11-15)
      Dione es una representación en OWL del ICD-10-CM, consistente lógicamente, cuyos axiomas definen las inclusiones y exclusiones del ICD-10-CM mediante una metodología basada en los mappings ICD-10-CM/SNOMED-CT, proporcionados ...
    • Estudio de Estrategias de Archivo en PSO Multi-Objetivo para el Docking Molecular 

      López-Camacho, Esteban; García-Godoy, María Jesús; García-Nieto, José; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; Aldana-Montes, Jose Francisco (2016)
      El acoplamiento molecular es un problema de optimización complejo cuyo objetivo es la predicción de la posición de un ligando en el sitio activo de un receptor con la mínima energía de unión. Este problema puede ser formulado ...
    • Un Framework para Big Data Optimization Basado en jMetal y Spark 

      Barba-González, Cristóbal; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus; García-Nieto, José; Cordero, José A.; Durillo, Juan J.; [et al.] (2016)
      Las metaheurísticas multi-objetivo se han convertido en técnicas muy utilizadas para la resolución de problemas complejos de optimización compuestos de varias funciones objetivo en conflicto entre sí. Nos encontramos en ...
    • Multi-Objective Big Data Optimization with jMetal and Spark 

      Barba-González, Cristóbal; García-Nieto, José; Aldana-Montes, Jose Francisco; Nebro-Urbaneja, Antonio Jesus (2017-04-20)
      Big Data Optimization is the term used to refer to optimization problems which have to manage very large amounts of data. In this paper, we focus on the parallelization of metaheuristics with the Apache Spark cluster ...
    • Scalable Inference of Gene Regulatory Networks with the Spark Distributed Computing Platform Cristo 

      Barba-González, Cristóbal; García-Nieto, José; Benítez-Hidalgo, Antonio; Aldana-Montes, Jose Francisco (2018-11-05)
      Inference of Gene Regulatory Networks (GRNs) remains an important open challenge in computational biology. The goal of bio-model inference is to, based on time-series of gene expression data, obtain the sparse topological ...
    • Un Repositorio RDF para la integración y consulta de datos de pacientes hepáticos 

      Roldan-Garcia, Maria del Mar; Aldana-Montes, Jose Francisco (2018-10-03)
      Los casos médicos pasados, y por lo tanto, la experiencia clínica, son recursos de valor incalculable para apoyar la práctica clínica, la investigación y la formación. Los profesionales médicos deben poder intercambiar ...