El microbioma de un suelo agrícola supresivo

Abstract

La aplicación de enmiendas orgánicas es una estrategia agrícola que puede provocar la mejora del estado fitosanitario de los suelos agrícolas. Esta medida se incluye en el control integrado de la podredumbre blanca radicular del aguacate, causada por el hongo fitopatógeno Rosellinia necatrix en la zona Mediterránea. En este trabajo se evalúa la capacidad supresiva de suelos agrícolas del cultivo de aguacate, enmendados con cáscara de almendra compostada. Además se caracteriza la microbiota que se desarrolla en este suelo enmendado. Los resultados "in vitro" realizados muestran como la adición al suelo de cáscara de almendra compostada estimula un efecto supresivo contra R. necatrix debido a la actividad microbiana. La secuenciación del ADN ribosómico 16S (para analizar procariotas) y de las regiones ITS (para eucariotas), reveló la estructura del microbioma de este suelo supresivo enmendado. El análisis a nivel de phylum destaca la abundancia de Proteobacterias (50%) y de Acidobacterias (22,6%), así como la presencia de. Además, se detectaron Bacteroidetes (8,1%), Plantomycetes (4,3%), Actinobacterias (4,1%), Choroflexi (3%), Nitrospirae (1,1%), Verrucomicrobiae (1,1%), el phylum TM7 (1%), y un 4,8% de phyla que se encuentran representados por debajo del 1%. Al comparar con la comunidad bacteriana presente en el suelo sin enmendar muestran comunidades microbianas similares. Aun así, se observa que las Acidobacterias y Planctomycetes disminuyen, no se observan cambios en los grupos de Bacteroidetes, Nitrospirae y Verrucomicrobiae, y por el contrario aumentan las Proteobacterias. Por otro lado, la comunidad fúngica (a nivel de phylum) presente en el suelo enmendado con cáscara de almendra compostada está formada por un 51% de Ascomycota, 21% de Basidiomycota, 11% de Mortierellales, 6% de Chytridiomycota, 1% de Glomeromycota, 9% de cepas fúngicas no identificadas y los phyla representados en menos del 1% del total se encuentran en un 0.8%. Al compararlos con la comunidad fúngica control, observamos un aunmento del 11% de los Ascomycota, principalmente de representantes del orden Pleosporales (clase Dothideomycetes) y un 4% de hongos no identificados. El resto de phyla disminuye su porcentaje. En resumen, se ponen de manifiesto sutiles diferencias en la estructura del microbioma que respondería al efecto supresivo provocado por la enmienda. Los grupos más destacados en este efecto lo constituirían las Proteobacterias, Acidobacterias y Planctomycetes por parte de los procariotas, y de Ascomycota y Basidiomycota por los eucariotas