Desarrollo de herramientas genómicas en frutales subtropicales: aguacate y chirimoyo
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Description: Tesis embargada
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2020-07-17
Authors
Talavera Judez, Alicia
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UMA Editorial
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Abstract
El aguacate (Persea americana Mill.) y el chirimoyo (Annona cherimola Mill.) son dos
cultivos nativos de los Neotrópicos muy apreciados desde tiempos precolombinos. Además
de su interés agrícola, tienen el valor añadido de pertenecer a uno de los grupos más
primitivos de las angiospermas, por lo que son de gran importancia para estudios evolutivos
en plantas. No obstante, la información molecular generada en estas especies es escasa, lo
que dificulta su estudio y la disponibilidad de herramientas para optimizar el proceso de
mejora. Con el objetivo de reducir esta brecha e incrementar los recursos genómicos
disponibles en estas especies se ha llevado a cabo este estudio, que se divide en tres
objetivos: (1) desarrollar marcadores moleculares SNPs mediante GBS para la
caracterización de genotipos de aguacate (Persea americana Mill.), (2) ensamblar y anotar el
primer genoma del chirimoyo (Annona cherimola Mill.) y (3) elaborar un mapa de ligamiento
en el género Annona a partir de una población F2 generada a partir de un cruzamiento
interespecífico (Annona cherimola ‘Fino de Jete’ x Annona squamosa ‘Thai seedless’).
El desarrollo de un borrador de genoma de aguacate (cv. Hass) junto a la secuenciación de
genotecas mediante GBS han permitido detectar un total de 7.108 SNPs, los cuales han
facilitado la caracterización de 71 genotipos que representan las 3 razas botánicas (Mexicana,
Guatemalteca y Antillana) de esta especie. Además, estos marcadores moleculares han
facilitado la caracterización de la diversidad genética y la estructura poblacional, mostrando
claras agrupaciones basadas en el origen racial.
Description
Por otro lado, se ha generado el primer ensamblaje y anotación de novo del genoma del
chirimoyo (cv. Fino de Jete), siendo el primer genoma dentro de la familia Annonaceae. Este
genoma está formado por un total de 15.076 secuencias y un N50 de 171,2 Kb.
Aproximadamente, el 67 % de las secuencias son repetitivas, y los genes predichos se
encuentran asociados a un evento de hibridación o duplicación reciente, que podría estar
generando cierta inestabilidad cromosomal.
Finalmente, se ha desarrollado por primera vez un mapa genético para el género Annona a
partir de una población F2, generada del autocruzamiento de individuos de una F1 realizada a
partir de un cruce interespecífico entre ‘Fino de Jete’ (Annona cherimola) y ‘Thai seedless’
(Annona squamosa). Se empleó un total de 550 SNPs para la construcción del mapa genético,
que se distribuyeron en 8 grupos de ligamiento. El mapa generado cubre aproximadamente
1.388 cM con una distancia media entre marcadores de 2,6 cM, tratándose del primer mapa
generado para estas especies (A. cherimola y A. squamosa).
Los resultados obtenidos en este trabajo aportan nuevos conocimientos sobre aguacate y
chirimoyo que son esenciales para la optimización de programas de mejora, pero también
abren las puertas a futuros trabajos de estudio de la diversidad genética, conservación o
evolución de las angiospermas.
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