Impacto sobre las poblaciones microbianas y análisis de genes destacados durante las interacciones multitróficas de Pseudomonas chlororaphis PCL1606 en la rizosfera de aguacate

Abstract

Pseudomonas chlororaphis PCL1606 (PcPCL1606) es una bacteria modelo aislada de la rizosfera del aguacate, que muestra una fuerte actividad de antagonismo y control biológico contra diferentes patógenos fúngicos transmitidos por el suelo, incluido el agente Rosellinia necatrix, que causa la podredumbre blanca radicular del aguacate en el área mediterránea (Cazorla et al., 2006; González-Sánchez et al., 2013). Ensayos in vitro de producción de antibióticos revelaron que PcPCL1606 produce los compuestos antifúngicos pirrolnitrina (PRN), ácido cianhídrico (HCN) y 2-hexil, 5-propil resorcinol (HPR). Sin embargo, se ha demostrado que solo HPR está directamente involucrado en el antagonismo y la capacidad de biocontrol de esta cepa (Calderón et al., 2015). Además, se demostró que HPR intervenía en otros fenotipos como la producción de biopelícula (Calderón et al., 2019) y en fenotipos relacionados con las interacciones multitróficas que se dan en la rizosfera del aguacate, teniendo HPR un papel fundamental en la colonización de la superficie radicular del aguacate y ejerciendo un efecto deletéreo sobre las hifas fúngicas (Calderón et al., 2014). En este trabajo se evaluó si la aplicación semicomercial de PcPCL1606 al suelo puede afectar potencialmente a las comunidades microbianas del suelo y rizosfera del aguacate en condiciones naturales o en presencia de R. necatrix. Para ello, se preparó un producto formulado basado en PcPCL1606 y se aplicó al suelo mediante riego a plantas de aguacate que crecían en experimentos de mesocosmos. Se demostró que PcPCL1606 formulado controló la podredumbre blanca radicular en condiciones de campo y que sobrevivía hasta el final de los experimentos. Para probar los efectos de PcPCL1606 en las comunidades microbianas, se analizaron las poblaciones utilizando una aproximación metagenómica, secuenciando fragmentos de los genes 16S/ITS.